Hiroshi Aoyama volvió a ser el más rápido en el circuito de Sepang en la categoría de 250cc y avisa de que quiere sentenciar el título mundial. Héctor Barberá fue cuarto y Álvaro Bautista quinto, mientras que el máximo perseguidor de Aoyama sólo pudo ser octavo. El japonés dominó la sesión de entrenamientos oficiales y se impuso con un tiempo de 2:06.767 a los franceses Jules Cluzel y Mike di Meglio y al español Héctor Barberá. Álvaro Bautista saldrá desde la segunda fila de la parrilla de salida de Sepang después de una calurosa tanda clasificatoria en la que llegó a liderar la misma, pero en la que al final fue quinto por delante del piloto tailandés Ratthapark Wilairot, sexto, y del español Héctor Faubel, séptimo. La posición de Simoncelli sorprendió más porque el transalpino, con un puesto en MotoGP en 2010, viene de ganar las dos últimas carreras en Portugal y Australia con relativa facilidad y esta vez no pudo pasar de la octava posición
En 125cc, Marc Márquez logró su segunda 'pole' con sólo 16 años y batió a Julián Simón, ya campeón del mundo de 125cc. Esta vez, el piloto español se batió con el campeón del mundo en un mano a mano en el que su tiempo de 2:13.756 a siete vueltas del final le dio la primera posición en la parrilla de salida del Gran Premio de Malasia. Simón intentó batir a Márquez hasta el último momento, hasta su última vuelta, en la que en los tres primeros parciales rodó siendo el más rápido, pero la última parte del circuito no se le dio bien al piloto de Aprilia y, aunque mejoró su crono personal con 2:13.811, no pudo desbancar a su joven rival y fue segundo en la clasificación de los entrenamientos oficiales.